La Dirección tiene como misión promover, gestionar y registrar la actividad de investigación en los distintos saberes, que se realiza en los centros y unidades académicas de la Universidad; facilitar las relaciones con instituciones públicas y privadas que puedan contribuir a su financiamiento; además de crear nuevos programas de cursos de actualización. Es fundamental para la gestión de la investigación en la Universidad Publica de El Alto, el desarrollo de actividades caracterizadas por la calidad y volumen de la producción científica e innovación tecnológica, comprometida activamente en el incremento de oportunidades de trasformación social, protagonista en la economía del conocimiento y actora del desarrollo integral.